La Cripta è ubicata nei sotterranei della chiesa che è stata eretta tra il 1784 e il 1788 su progetto di Pietro Bonvicino, che realizzò anche l’intero isolato di cui fa parte (1788-1795). La chiesa è annessa al complesso del convento dei Padri Trinitari Scalzi del Riscatto degli Schiavi, detti di San Michele, per i quali è stata concepita. A seguito dell’occupazione francese, i Padri Trinitari vennero trasferiti nella chiesa nel 1801 e da quel momento essa è stata adibita a parrocchia.