Il Museo della Certosa ha sede nella Certosa di Pavia (PV), edificio storico di proprietà dello Stato, e occupa gli spazi del cosiddetto Palazzo Ducale. Aperto stabilmente nel 2008, è articolato su due piani a esposizione permanente. La missione del museo è quella di tutelare, conservare, valorizzare, esporre al pubblico e promuovere la conoscenza del patrimonio storico artistico esposto, proveniente dal monumento della Certosa. Collabora con altri musei della città di Pavia per iniziative didattiche e culturali in genere rivolte a fasce di utenza diversificate, dalla scuola al pubblico adulto.

Il Museo dipende dal Polo Museale Regionale della Lombardia, organo periferico del Ministero dei Beni e delle Attività Culturali e del Turismo. Allo stesso Polo fa capo la gestione economica e quella del personale in servizio presso il Museo.