La chiesa sorge, presso la Cattedrale, in vico dei Sotterranei, una delle stradine nel cuore del centro storico che è anche uno dei luoghi più suggestivi e misteriosi della città di Lecce. Il nome della via rimanda alla presenza di stratificazioni archeologiche accertate: i famosi “sotterranei” appunto, venuti casualmente alla luce, studiati e sepolti. La fabbrica poggia le fondamenta su una preesistente cripta, probabilmente di età paleocristiana, dedicata ai santi Leonardo, Sebastiano e Rocco.